為了救神谷薰（武井咲飾），緋村劍心（佐藤健飾）縱身躍入大海，昏迷中飄至小島并被傳授飛天御劍流的師父比古清十郎（福山雅治飾）所救。深感與志志雄真實（藤原龍也飾）的實力差距，劍心懇請師父傳授飛天御劍流最高奧義。同時，志志雄劍指東京推進武力奪國計劃，強迫伊藤博文（小澤征悅飾）對劊子手拔刀齋發布全國通緝令。得知消息的薰與左之助（青木崇高飾）緊急奔赴東京，劍心則遭御庭番眾首領四乃森蒼紫（伊勢谷友介飾）阻擊，一路突破后迎來與志志雄的最終決戰。劍心在對決中成功施展飛天御劍流終極招式，以信念為刃終結宿命糾葛，并阻止了志志雄顛覆國家的陰謀。本片根據和月伸宏同名經典漫畫改編，呈現劍心守護新時代的傳奇終章。