為了救神谷薰(武井咲飾),緋村劍心(佐藤健飾)縱身躍入大海,昏迷中飄至小島并被傳授飛天御劍流的師父比古清十郎(福山雅治飾)所救。深感與志志雄真實(藤原龍也飾)的實力差距,劍心懇請師父傳授飛天御劍流最高奧義。同時,志志雄劍指東京推進武力奪國計劃,強迫伊藤博文(小澤征悅飾)對劊子手拔刀齋發布全國通緝令。得知消息的薰與左之助(青木崇高飾)緊急奔赴東京,劍心則遭御庭番眾首領四乃森蒼紫(伊勢谷友介飾)阻擊,一路突破后迎來與志志雄的最終決戰。劍心在對決中成功施展飛天御劍流終極招式,以信念為刃終結宿命糾葛,并阻止了志志雄顛覆國家的陰謀。本片根據和月伸宏同名經典漫畫改編,呈現劍心守護新時代的傳奇終章。