14年前初號機疑似神化第一形態覺醒引發近三沖擊，導致世界格局劇變。葛城美里（三石琴乃配音）帶領NERV舊部成立反抗組織Wille，派遣明日香（宮村優子配音）與真里（坂本真綾配音）執行奪回初號機及碇真嗣（緒方惠美配音）的任務，但嚴禁真嗣接觸初號機。面對敵意包圍，真嗣在綾波麗（林原惠美配音）引導下登上九號機，隨其返回殘破的NERV總部。真嗣在此重逢綾波麗，并得知需與神秘美少年渚薰（石田彰配音）共同駕駛十三號機。十四年空白期埋藏的真相逐漸浮現——渚薰向真嗣揭示了人類補完計劃的核心陰謀，兩人駕駛十三號機摧毀第四使徒MELCHIR后觸發新危機。最終真嗣啟動卡西莫多系統與渚薰完成朗基努斯槍貫穿，卻導致世界線再次發生不可逆的扭曲。本片作為EVA新劇場版四部曲第三部，承接TV版與前兩部劇場版的核心設定。