在太一一行人告別數碼世界后,數碼世界并未關閉與人類的通道。隨著新危機爆發(fā),被選中的孩子再次集結:本宮大輔、井之上京與火田伊織等新一代肩負使命,攜亞古獸、加布獸及新型數碼獸共同作戰(zhàn)。此時太一等初代成員已升入初中,僅阿武與小光作為經驗傳承者擔任引導角色。數碼世界持續(xù)動蕩的根源指向啟示錄獸——由墮落奧米加獸分裂而成的混沌存在。新舊守護者們歷經數碼帝王與黑暗四天王等勢力的對抗,最終通過DNA融合進化突破桎梏,在跨越兩個世界的戰(zhàn)斗中徹底終結啟示錄獸的威脅,使數碼世界與人類社會重歸平衡。