在施奈德回老家后，四只親如兄弟的神龜因失去敵人而逐漸疏離，各自專注于個人領(lǐng)域發(fā)展，曾經(jīng)默契協(xié)作的團隊淪為獨來獨往的個體。此時紐約接連發(fā)生異變事件，實業(yè)家馬克西米林安?J?威特斯秘密組建遠古怪獸軍團，并聯(lián)合臭名昭著的Foot Clan忍者組織，意圖通過恐怖手段征服城市。面對再度逼近的黑暗勢力，神龜們在危機中重新凝聚共識，運用各自專精技能展開協(xié)作。他們通過破解敵方陰謀、收集關(guān)鍵情報并制定針對性戰(zhàn)術(shù)，最終在紐約地標性建筑展開決戰(zhàn)。威特斯的機械化改造部隊與Foot Clan武士構(gòu)成主要威脅，神龜們通過團隊配合突破防線，在摧毀核心作戰(zhàn)裝置后徹底粉碎征服計劃。成功化解危機后，四兄弟在保持個性發(fā)展的同時重建了團隊協(xié)作紐帶。