在來葉崖制造假死的FBI探員赤井秀一成為《名偵探柯南：緋色的不在場證明》核心焦點，影片通過解構赤井秀一、世良真純、羽田秀吉、瑪麗等成員的復雜背景與個性關系，展現這個危險家族隱秘行動軌跡。故事主線圍繞赤井秀一的"緋色"系列展開，安室透（代號波本）作為其宿敵從FBI獲取關鍵線索后，展開對赤井秀一與沖矢昴雙重身份的深入調查。雙方在多起案件中展開高智商攻防戰，最終赤井秀一以華麗方式回歸并制造多重不在場證明，其行動軌跡與柯南的暗中協助形成緊密關聯。影片作為總集篇完整呈現赤井家族與黑衣組織對抗的歷史脈絡，揭示秀一假死真相的同時，亦展現安室透作為公安臥底的立場糾葛，最終形成三方勢力交織的關鍵對抗格局。