青井和哉因姐姐和葉被異次元體NOVA殺害而進入杰尼提克斯學院，這所專門培養對抗NOVA戰士的學校將學員分為女性戰斗者“潘多拉”與男性輔助者“制御者”。在學院中，和哉邂逅了包括最強潘多拉莎緹萊薩、傲嬌少女嘉涅沙、西藏轉學生拉娜林沁在內的多位實力強大的女性戰士，并意外與莎緹萊薩結成搭檔。隨著戰斗訓練的深入，和哉逐漸接觸到潘多拉通過“限定解放”提升戰力卻加速自身瓦解的核心設定，同時發現姐姐之死與NOVA入侵存在深層關聯。在持續對抗異次元體的過程中，和哉通過提升制御者能力協助同伴突破極限，并逐步接近真相——NOVA實為地球文明遺民針對人類制造的凈化兵器，而和葉生前掌握的關鍵數據成為化解危機的核心。最終決戰中，莎緹萊薩與和哉以突破常規的融合技擊潰NOVA本源，同時揭開了學院高層為維持潘多拉體系而刻意掩蓋的殘酷事實。