進入了明治時代,曾經的“劊子手拔刀齋”緋村劍心(佐藤健飾)已經習慣了神谷道場的安寧生活。就在這一天,倒幕戰爭時的舊友——號稱維新三杰之一的大久保利通(宮澤和史飾)將其請去。原來繼承了劍心劊子手身份的志志雄真實(藤原龍也飾)當年被新政府背叛,僥幸活下來的志志雄正秘密籌措稱霸日本的可怕計劃。大久保死后,深感背負不可推卸責任的劍心只身上路,在途中偶遇京都女忍卷町操(土屋太鳳飾),還在新月村和志志雄有了第一次的遭遇。與此同時,相樂左之助(青木崇高飾)、神谷薫(武井咲飾)、明神彌彥(大八木凱斗飾)、齋藤一(江口洋介飾)也相繼趕往京都。在志志雄主導的連環陰謀中,劍心與其爪牙展開激烈對抗,并最終與志志雄在燃燒的京都進行生死決斗,挫敗其顛覆政權的野心。這場正邪較量以劍心守護新時代和平而告終,延續了武士道精神與救贖之路。本片根據和月伸宏的經典漫畫原作改編。