隨著Peter進(jìn)入末日機(jī)器并將兩個(gè)世界融合在一起，表面的危機(jī)似乎解除，但是Peter卻被時(shí)間線所抹殺。兩個(gè)世界的人一邊要消除與對(duì)方之間的隔閡，一邊針對(duì)兩個(gè)世界之間不減反增的潛科學(xué)案件展開調(diào)查。新出現(xiàn)的跨維度恐怖組織ZFT以極端手段推動(dòng)世界重構(gòu)，神秘莫測(cè)的觀察者持續(xù)干預(yù)事件走向并留下時(shí)空悖論線索。團(tuán)隊(duì)核心成員發(fā)現(xiàn)Walter與平行世界的量子糾纏仍在持續(xù)，而隱藏在暗處的William Bell通過意識(shí)投射操控全局。隨著真相浮出水面，Olivia與Walter必須跨越維度壁壘，在時(shí)間悖論吞噬一切前阻止Bell啟動(dòng)最終滅世程序。