隨著Peter進入末日機器并將兩個世界融合在一起，表面的危機似乎解除，但是Peter卻被時間線所抹殺。兩個世界的人一邊要消除與對方之間的隔閡，一邊針對兩個世界之間不減反增的潛科學(xué)案件展開調(diào)查。新出現(xiàn)的跨維度恐怖組織ZFT以極端手段推動世界重構(gòu)，神秘莫測的觀察者持續(xù)干預(yù)事件走向并留下時空悖論線索。團隊核心成員發(fā)現(xiàn)Walter與平行世界的量子糾纏仍在持續(xù)，而隱藏在暗處的William Bell通過意識投射操控全局。隨著真相浮出水面，Olivia與Walter必須跨越維度壁壘，在時間悖論吞噬一切前阻止Bell啟動最終滅世程序。