《忍者殺手》以近未來日本為舞臺,講述普通上班族藤木戶健二在妻子被神秘忍者組織殺害后,與神秘忍者靈魂融合獲得超凡能力,化身對抗黑暗勢力的復仇者。他穿梭于東京都市叢林,在與殘虐機關"忍法科"、黑幫頭目風間門左衛門等勢力的血戰中,逐漸揭開妻子死亡真相。故事通過現代科技與傳統忍術碰撞的設定,在高速動作場面中探討身份認同議題。隨著對抗升級,藤木戶在正義與復仇間不斷掙扎,最終以極端手段肅清所有敵對勢力后消失于都市陰影中。齋藤千和、雨宮天等聲優為劇中關鍵角色獻聲,津嘉山正種演繹的反派與玄田哲章塑造的靈魂導師形象形成強烈戲劇張力。