《夜半一點鐘》由三個發生在午夜時分的靈異故事組成。昏迷半年的歌星Sunny(黃耀明飾)身體狀況良好卻始終未醒,值班護士(葉玉卿飾)每晚凌晨1點都能目睹他與一名死去歌迷的幽靈相伴,兩人被無形羈絆困于生死之間。與此同時,女學生芳(袁詠儀飾)與同伴到傳聞有大辮子女鬼出沒的廢棄校舍探險,原本同學假扮的靈異現象意外演變為真正的超自然遭遇。另一邊廂,交通警員阿輝(陳小春飾)與阿明(徐錦江飾)在整理事故照片時,意外拍下一名多日前車禍身亡的老婆婆身影,此后兩人接連陷入亡魂持續數月的陰魂不散。三個時空交錯的驚悚事件均指向凌晨1點這一神秘時刻,生者與死者在現實與靈界的縫隙間展開糾纏。