《夜半一點鐘》由三個發生在午夜時分的靈異故事組成。昏迷半年的歌星Sunny（黃耀明飾）身體狀況良好卻始終未醒，值班護士（葉玉卿飾）每晚凌晨1點都能目睹他與一名死去歌迷的幽靈相伴，兩人被無形羈絆困于生死之間。與此同時，女學生芳（袁詠儀飾）與同伴到傳聞有大辮子女鬼出沒的廢棄校舍探險，原本同學假扮的靈異現象意外演變為真正的超自然遭遇。另一邊廂，交通警員阿輝（陳小春飾）與阿明（徐錦江飾）在整理事故照片時，意外拍下一名多日前車禍身亡的老婆婆身影，此后兩人接連陷入亡魂持續數月的陰魂不散。三個時空交錯的驚悚事件均指向凌晨1點這一神秘時刻，生者與死者在現實與靈界的縫隙間展開糾纏。