影片設定在《阿凡達》劇情落幕十余年后，講述薩利一家（杰克、奈蒂莉和孩子們）在潘多拉星球的生存挑戰。杰克與奈蒂莉組建家庭，育有多個子女，孩子們的成長為家族帶來歡樂。然而人類采礦公司殘余勢力持續威脅納威人，前作反派邁爾斯·夸奇上校以克隆體復活后率軍追殺薩利一家。為保護家人，杰克帶領族人長途遷徙至臨海的島礁族領地尋求庇護。島礁族首領特諾瓦里與醫師羅娜爾接納薩利家族，并指導其學習海洋生存技能。該部族以獨特生物圖鯤為精神紐帶，通過"水之道"儀式與海洋生態建立深層連接。人類軍隊追蹤而至后，杰克聯合島礁族利用海域地形與生態優勢展開反擊。人類孤兒蜘蛛因童年羈絆選擇協助薩利家族，最終在關鍵戰役中助杰克識破夸奇戰術，成功保衛島礁族圣地并擊退入侵者。