“百武裝展開！！”“HUNDRED”──那是能對抗襲擊地球的神祕生物“蠻族”（Savage）的唯一武器。主角如月隼人為了成為能夠駕馭HUNDRED的武藝者（Slayer），進入海上學園都市艦“LittleGarden”就讀。然而──“我好想你喔，隼人!!”“你、你到底是……？”對於似乎很了解自己的室友艾米爾?克勞福德，隼人產生了某種懷念的異樣感受。不僅如此，才一入學，學園最強的武藝者“女王”克蕾亞?哈維便向他提出決斗要求……!? 隼人入學前曾因意外導致能力被封印，而艾米爾的真實身份實為克蕾亞的專屬HUNDRED武裝。隨著兩人共同解開隼人過往之謎，他們開始協力對抗Savage襲擊與學園內部勢力。作為關鍵戰力的HUNDRED系統、克蕾亞對隼人的復雜態度，以及隱藏在學園艦背后的全球防衛計劃真相，均成為貫穿主線的核心矛盾。