2262年，地球聯盟軍官伊麗莎白·洛克利接任巴比倫5號空間站指揮官。該站逐漸成為逃離心感軍團迫害的非法心靈感應者的庇護所，引發與地球政府的緊張關系。納恩前大使蓋卡因在納恩-星際戰爭期間所著回憶錄的出版意外成為精神領袖。同時，曾與影族結盟的德拉克人通過寄生生物"看守者"控制了星際聯盟成員國半人馬星的攝政王維里尼，挑撥其與星際聯盟的關系。在德拉克陰謀下，納恩與德雷茲星艦對半人馬主星造成毀滅性打擊。洛多·莫拉利被推舉為皇帝，被迫接受德拉克看守者以保全星球。根據劇中多次閃現的預知幻象，十六年后洛多與蓋卡在互相殘殺中死去，實為德拉克看守者蘇醒后扼死蓋卡。洛多忠誠的助手維·科托繼任皇位，成功擺脫德拉克控制。謝里丹與戴蘭婚后將星際聯盟總部遷往米諾巴星，蓋卡離開空間站尋求自我救贖，加里巴爾迪在火星定居。十九年后謝里丹病危時重返即將退役的巴比倫5號，在與初代種族接觸后神秘消逝，其存在被確認已隨空間站的爆破而終結。劇終出現編劇斯特拉琴斯基扮演的技術員關閉空間站燈光的客串鏡頭。