因雙親赴海外工作而暫居舅父家的主人公，轉入八十神高中后聽聞了關于雨夜午夜電視能映出他人影像的傳言。為驗證真偽，他與伙伴們目睹異象時被拖入名為"電視異界"的扭曲空間，遭遇象征人性陰暗面的怪物"暗影"。在求生過程中眾人覺醒了操控人格面具（Persona）的能力，發現該空間與近期接連發生的午夜連環兇殺案存在關聯。為查明真相并阻止更多人受害，主人公與覺醒能力的同伴組成特別搜查隊，在解救被困者的過程中不斷直面他人及自身內心的"影子"。隨著調查深入，他們發現所有事件的根源指向操控異界的神秘組織"逆金字塔"，而幕后黑手正是意圖通過制造混亂實現野心的理事長。最終團隊在天鵝絨房間協助下突破終極考驗，直面代表自身可能性的"另一個自我"完成了最終救贖。