《超市特工第五季》延續主角恰克-巴特維斯基的雙面人生。十年前被摯友布萊斯誣陷并失去女友的經歷，使恰克蟄伏于"好又多"超市當維修員。布萊斯臨終前通過郵件將國家機密數據注入其大腦，賦予他過目不忘的Intersect能力。國土安全局與中情局各派特工保護他，其中中情局特工薩拉-沃克長期假扮其女友。隨著兩機構聯合開發Intersect 3.0交換機計劃，恰克面臨被取代危機。本季集中展現多方勢力爭奪Intersect核心的較量，神秘組織"獅鷲"對恰克展開致命追殺。布萊斯意外重現揭示當年陷害真相，推動恰克直面內心渴望——擺脫特工身份與薩拉建立真實情感。最終集呈現恰克通過病毒程序永久清除腦中控制代碼，在終結"獅鷲"威脅后，與薩拉以普通公民身份開啟新生活。