藍海醫院院長周霖在醫療改革試點單位的重壓下，因衛生廳劉會計被謀殺及巨額回扣款失蹤事件陷入危機。其兩名得意門生——冷峻務實的李衛國（外號“小李飛刀”）與理想主義改革派陸一鳴——因醫改路線產生激烈沖突。兩人在處理安樂死、艾滋病防治及江湖游醫等敏感案件時矛盾升級，情感糾葛更使局勢復雜化：周霖希望女兒、電視臺主持人周可馨能與陸一鳴結合，但周可馨傾心于李衛國；實習醫生劉洋暗戀陸一鳴，醫療器械商人吳竟則周旋于兩位醫生之間。醫院接連遭遇紅包丑聞、毒大米事件及礦難救援等生死考驗，下崗工人盲童救助、女大學生維權和血源性艾滋病感染等社會問題接連浮現。在醫患矛盾激化與陰謀漩渦中，周霖能否洗清冤屈？殺害劉會計的真兇身份與師徒三人如何突破困局的命運走向，成為貫穿全劇的核心懸念。