在《甜蜜家園3》中，怪物危機迎來終局之戰，人類與變異生命體的界限愈發模糊。車賢秀從昏迷中蘇醒發現自己已完成怪物化，邊尚昱的軀體仍被鄭毅銘意識占據，徐伊景維持半人半獸狀態。李恩赫從劇烈顫動的怪物繭中重生歸來，其生死之謎引發多方勢力角逐。李恩宥繼續執著追尋失蹤的哥哥蹤跡，卓仁煥上士暗中掩蓋自身變異征兆，任博士對怪物化現象展開極端研究。金英厚中士在栗島發現神秘幸存者聚集地，二等兵樸燦榮重返廢棄球場展開新任務。此時神秘少女金是兒現身，其特殊能力可引發二次變異。各方勢力因利益沖突再度集結，在人類存續與個體身份認同的抉擇中，新世界秩序即將重塑。