《哥譚第二季》延續第一季主線，聚焦DC宇宙中罪惡都市的黑暗起源。本季以"反派的崛起"為核心，刻畫小丑、謎語人艾德華·尼格瑪等反派及蝙蝠俠布魯斯·韋恩、貓女賽琳娜的早期成長軌跡。億萬富豪Theo Galvan與其妹妹"飛虎女"聯手顛覆哥譚秩序，通過策劃阿卡姆瘋人院首次集體越獄釋放芭芭拉、小丑等危險分子，借其力量實施犯罪計劃。企鵝人奧斯瓦爾德·科波特在權力更迭中逐步建立地下王國，警探詹姆斯·戈登與新任局長布奇·吉爾津展開正邪對抗。謎語人從市警線人向高智商罪犯蛻變，布魯斯的復仇之路與稻草人、毒藤女等青少年反派勢力產生交集。全季通過多線敘事展現哥譚市墮入深淵的臨界點，各派勢力在陰謀與背叛中推動城市滑向黑暗漩渦。