在宇宙世紀(jì)終結(jié)后的Regild Century(R.C.)時(shí)代，人類(lèi)依靠連接地球與宇宙的軌道天梯Capital Tower獲取維持文明的能量源Photon Battery。RC1014年，Capital Guard候補(bǔ)生貝爾利·杰納姆在首次飛行訓(xùn)練中遭遇身份不明的MS-SELF襲擊，意外駕駛維修機(jī)捕獲敵方機(jī)體。被俘的宇宙海賊少女駕駛員Aida·雷哈頓展現(xiàn)出與貝爾利截然不同的戰(zhàn)斗天賦，而本應(yīng)拒絕非適格者的G-SELF卻對(duì)貝爾利產(chǎn)生異常共鳴。隨著兩人圍繞Capital Tower展開(kāi)的追擊戰(zhàn)，隱藏在光子電池能源體系中的世紀(jì)謊言逐漸浮現(xiàn)——貝爾利體內(nèi)潛藏的新人類(lèi)基因與G-SELF的共生機(jī)制、Aida所屬組織意圖顛覆地球統(tǒng)治的真實(shí)目的，以及Capital Tower核心裝置「虹之卵」的真相共同交織成命運(yùn)的羅網(wǎng)。這場(chǎng)被稱(chēng)作Reconguista的星際紛爭(zhēng)，最終導(dǎo)向?qū)θ祟?lèi)文明存續(xù)模式的根本性抉擇。