在宇宙世紀終結后的Regild Century(R.C.)時代，人類依靠連接地球與宇宙的軌道天梯Capital Tower獲取維持文明的能量源Photon Battery。RC1014年，Capital Guard候補生貝爾利·杰納姆在首次飛行訓練中遭遇身份不明的MS-SELF襲擊，意外駕駛維修機捕獲敵方機體。被俘的宇宙海賊少女駕駛員Aida·雷哈頓展現出與貝爾利截然不同的戰斗天賦，而本應拒絕非適格者的G-SELF卻對貝爾利產生異常共鳴。隨著兩人圍繞Capital Tower展開的追擊戰，隱藏在光子電池能源體系中的世紀謊言逐漸浮現——貝爾利體內潛藏的新人類基因與G-SELF的共生機制、Aida所屬組織意圖顛覆地球統治的真實目的，以及Capital Tower核心裝置「虹之卵」的真相共同交織成命運的羅網。這場被稱作Reconguista的星際紛爭，最終導向對人類文明存續模式的根本性抉擇。