記者賴川浩司在調查日本接連發生的異常事件時，發現災難源自名為機械獸母艦的外星生命體——它曾于千萬年前引發恐龍滅絕，如今再度降臨意圖摧毀人類文明。摯友木村加奈被劫持為獻祭品后，浩司孤身營救反遭殺害。地底人將其改造為擁有JPOWER能量的戰士假面騎士J，與機械獸母艦派出的三使者卡賴、亞基度和亞魅展開對抗。在逐步擊破對方陰謀的過程中，浩司發現機械獸母艦正通過吸收人類生命能量強化自身。最終決戰中，他以JPOWER力量突破母艦核心屏障，在徹底摧毀這個跨越時空的滅世威脅后，將加奈與幸存者們安全解救。