這是五十年后的未來，世界被"神"吞噬殆盡而荒蕪的架空故事。由于遭到突如其來的怪物"荒神"的破壞而失去平衡，人類文明既有的兵器都因荒神的"捕食"本能而無效化。生化科技企業"芬里爾"成功利用荒神細胞開發出名為"神機"的生物兵器，并通過與荒神細胞同步賦予使用者超常力量，同時組織了特殊部隊"GODEATER"。自此人類獲得對抗荒神的力量，追求知性之極致的荒神與追求物種延續的人類間的戰爭就此展開。GODEATER的任務是擊退靠近地下居住區的荒神，并帶回其核心與素材。在破滅的盡頭，究竟是神會先成為人還是人會先成為神的競爭中，主角作為新任GODEATER隊員加入戰斗。最終人類通過解析荒神之母"YHVH"的基因密碼，成功開發出能徹底消滅所有荒神的終極兵器"諾亞方舟系統"，在犧牲部分隊員的情況下完成最終殲滅戰，為這場持續數十年的生存戰爭劃下句點。