在地勢險峻的山谷腹地，勇猛果敢的神奇寶貝凱爾迪奧（中川翔子配音）追隨傳說中的圣劍士克巴路歐（山寺宏一配音）、泰利奇歐（安元洋貴配音）、比利基恩（本田貴子配音）修行，朝著圣劍士的目標持續努力。自不量力的凱爾迪奧不聽三位老師的忠告，貿然向龍系最強的神奇寶貝酋雷姆（高橋克實飾）發起挑戰。及至交手時才發現自己遠遠不是酋雷姆的對手，三位圣劍士奮力阻擊酋雷姆為弟子爭取逃脫機會。傷痕累累的凱爾迪奧落荒而逃，恰巧遇見正在修業旅行中的小智（松本梨香配音）、天桐（宮野真守配音）和艾莉絲（悠木碧配音）一行，而憤怒的酋雷姆也尾隨而至。小智等人在協助凱爾迪奧恢復信心的過程中，發現酋雷姆體內存在分裂的意志。最終凱爾迪奧通過領悟"心之刃"絕技，在與酋雷姆的決戰中不僅化解了對方內心的矛盾，更成功解救被囚禁的三位圣劍士。本片為小學館創立90周年的紀念之作，通過正邪對抗的敘事展現了成長與救贖的主題。