主角大狼十三自小被組織撿養，并成為傳說級殺手。某次任務中，他遭到神秘生物兵器刺中，竟意外變回中學生的模樣，從此開始了國中生活。為躲避組織追查與生物兵器威脅，十三以新身份融入校園，在執行暗殺任務與維持學生日常間艱難周旋。隨著調查生物兵器來源，他逐漸發現組織內部暗藏的龐大實驗計劃，并在與同學互動中動搖了過往作為殺手的價值觀。最終，十三選擇以學生身份繼續生活，利用自身能力在暗處守護校園與身邊之人。