清朝初期,康熙皇帝年少即位,奸臣專權導致民不聊生。民間反清組織"天地會"首領陳近南(劉松仁飾)遭追殺時被市井少年韋小寶(周星馳飾)所救,遂收其為徒并派往皇宮擔任臥底,任務是盜取藏有清朝機密的四十二章經。小寶憑借機敏與康熙(溫兆倫飾)建立深厚交情,逐步晉升為朝廷重臣。面對皇帝的信任與天地會的使命,小寶陷入雙重困境:既要完成師父交代的任務,又不忍傷害真心相待的少年天子。當其試圖逃離宮廷時,陳近南派來的監視者將其強制帶回,并安排他繼續潛伏。此后小寶遭遇雙重危機——鰲拜余黨與假太后(袁潔瑩飾)勢力聯手追殺,天地會亦因身份暴露與其爆發激烈沖突。在多方角力中,小寶周旋于王宮權斗與江湖恩怨之間,最終借康熙之力鏟除鰲拜集團,并揭露假太后隸屬神龍教的陰謀,使天地會與朝廷聯手擊潰敵對勢力。