在靜岡縣三島市矗立著東高（駿豆西高中）、駒形附中和圣三島女學院三所高中。因二十年前教堂火災事件引發的對立，東高與圣三島女學院長期互相仇視。瀕臨破產的女學院面臨與東高合并傳言，曾在學生時代推動過男女共學的東高教師原平助（錦戶亮飾）提出設立跨校實驗班的構想，雖遭雙方管理層質疑仍獲準實施。原平助與以嚴厲著稱的女學院生活指導老師蜂矢理沙（滿島光飾）分別帶領學生進駐對方校園，男女混班的特殊教學模式由此展開。原本敵視的學生們在共同學習生活中逐漸打破隔閡，隨著對教堂火災真相的追溯與兩校合作應對突發危機事件，師生們最終跨越歷史恩怨實現了真正的理解與融合。