在第六季開場事件中，電影《X檔案：征服未來》（FTF）遺留的變種外星人從基因技術(shù)公司員工體內(nèi)破體逃逸。聯(lián)邦調(diào)查局探員福克斯·穆德與丹娜·斯卡利于科羅拉多州調(diào)查該事件時(shí)，根據(jù)神秘少年吉布森·帕內(nèi)什留下的線索展開追蹤。吉布森引導(dǎo)穆德接觸外星生命體，而斯卡利通過基因檢測發(fā)現(xiàn)吉布森具有非人類遺傳特征，并推演出人類種族可能源于外星生物的普遍假設(shè)。此時(shí)，聯(lián)邦調(diào)查局高層重組X檔案部門，由沃爾特·斯潘德與戴安娜·佛利共同主管，兩人對立的權(quán)力格局導(dǎo)致案件調(diào)查陷入僵局。關(guān)鍵證人吉布森在事件收尾時(shí)再度失蹤，其行蹤與外星人實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目及政府高層陰謀的關(guān)聯(lián)性始終未能明確。