在第六季開場事件中，電影《X檔案：征服未來》（FTF）遺留的變種外星人從基因技術公司員工體內破體逃逸。聯邦調查局探員?？怂埂つ碌屡c丹娜·斯卡利于科羅拉多州調查該事件時，根據神秘少年吉布森·帕內什留下的線索展開追蹤。吉布森引導穆德接觸外星生命體，而斯卡利通過基因檢測發現吉布森具有非人類遺傳特征，并推演出人類種族可能源于外星生物的普遍假設。此時，聯邦調查局高層重組X檔案部門，由沃爾特·斯潘德與戴安娜·佛利共同主管，兩人對立的權力格局導致案件調查陷入僵局。關鍵證人吉布森在事件收尾時再度失蹤，其行蹤與外星人實驗項目及政府高層陰謀的關聯性始終未能明確。