《明宮謎案》以明朝晚期“妖書案”、“詛咒案”、“梃擊案”、“紅丸案”、“移宮案”等五大政治疑案為敘事主線,聚焦萬歷、泰昌、天啟三朝二十年間的皇權更迭斗爭。劇集通過太子朱常洛的立儲風波與“一月天子”的悲劇性猝死事件,層層揭示君臣父子在權力漩渦中的復雜博弈——萬歷帝的怠政縱容了內閣與宦官集團的利益傾軋,泰昌帝暴斃引發的“紅丸案”加劇朝野黨爭,“移宮案”則暴露了后宮干政的制度性隱患。劇中通過東林黨人楊漣、左光斗與閹宦集團的正面對抗,直指明代宗法制度在皇權繼承上的致命缺陷,并全景式展現文官集團內部的浙黨、楚黨、閹黨等派系斗爭,以及錦衣衛特務體系對朝局的扭曲。最終隨著魏忠賢閹黨專權與東林慘案爆發,王朝政治生態徹底崩壞,為后續崇禎帝的亡國埋下伏筆。全劇在權力爭奪的歷史框架中,穿插了帝王夫妻的猜忌、皇子兄弟的殘殺、君臣間的忠誠與背叛,以史為鑒映射權力異化對人性的吞噬。