かつて、突如として現れた正體不明の敵?アンノウン。「超進化鉄道開発機構」通稱「ERDA(エルダ)」は、対抗手段として新幹線が変形するロボット「シンカリオン」を開発し、脅威に備えていた。「何かを守れる、カッコイイ人に…僕は…」中學2年生の大成タイセイは、2年前に失蹤した姉の手がかりを求めて、進開學園中等部に転入する。その矢先、10年ぶりにアンノウンが出現。偶然にもタイセイがシンカリオン運転士として高い適性値を持つことが判明し、闘う決斷を迫られることとなる。アンノウンの正體、そして目的は何なのか…。闘いの末に見えてきた真実とは…。少年たちの決意と成長の物語が、今、始まる―。