現為公安九課少校的草薙素子（坂本真綾配音），按照課長荒卷大輔（塾一久配音）的指示外出調查運輸機被神秘并機的事件。結果途中遭到巴特（松田健一郎配音）率領的武裝分子的襲擊。與此同時，遍布全國的交通管制系統也意外癱瘓。一切源于前七八聯合部隊的長官曾我和哉（澤木郁也配音），他因制造難民虐殺事件遭到國家指控，而他的下屬堅信這一切都是國家陰謀。曾我不甘被污，因此試圖通過網絡揭露大國的丑行。素子在調查過程中漸漸了解真相，而她也朝著組建自己的部隊邁出重要的一步……本片為攻殼機動隊前傳“ARISE”的第二部。