一場火災燒掉了初中男生南云孝士賴以生存的公寓，父親不知所蹤后他流落街頭，最終被女大學生和知米涅兒救助。后者提議南云擔任自己就讀學校的女生宿舍"社管"職務，使他得以在解決住處問題的同時自食其力。這座被稱作"女神宿舍"的特殊場所僅接納具有特定特質的女生，南云在此結識了純情內向的早乙女亞典娜、性格豪爽的戰咲基麗耶和行為舉止獨特的電波系少女八月朔日賽勒涅。作為宿舍中唯一的男性管理者，南云不僅要應對日常管理事務，更在與性格迥異的少女們朝夕相處中逐漸走出人生低谷。宿舍成員各自背負著不為人知的過往，而女神宿舍本身亦暗藏著超自然力量的秘密。隨著南云持續追查父親失蹤真相，他與少女們共同面對的謎團正逐步顯現其全貌。