《夜凜神探第一季》講述秀才君無咎因科舉舞弊案牽連被貶為推官后，在搭檔協助下破解迷局的故事。擅長推理的君無咎與武功高強的蘇文月（實為皇族密探）、足智多謀的成楊（曾因謀反案遭流放）組成破案小隊，三人雖出身迥異卻秉持相同正義信念。他們在偵辦涉及陰陽五行殺人術、百年家族詛咒等離奇案件時，通過科學推演與人性剖析，在刀光劍影中抽絲剝繭，逐步揭開連環兇案背后的官商勾結真相。隨著調查深入，小隊意外發現地方命案竟牽涉朝廷權臣陰謀，最終在揭露驚天腐敗網絡的同時，各自完成對過往人生執念的救贖。