全人類被神奇的現象一瞬間石化后過了幾千年——擁有超人般頭腦、天生的科學少年·千空蘇醒了。在文明遭到毀滅的石頭世界里，千空集結新伙伴的力量一起建立“科學王國”，最終目標是用科學的力量復原整個世界。但是，由靈長類最強的高中生獅子王司領導的“武裝帝國”卻步步為營。旨在凈化人類的司試圖通過使用強大的力量來阻止科學的發展。科學vs武力的戰斗經過激戰，千空等人的科學王國占優勢，之后兩國終于和解。由于同伴的謀反而處于冷休眠狀態的司為了復活全人類，科學王國以石化光線的發生源、地球的背面·新世界作為目標！沖出世界解開石化之謎！石頭世界大航海時代終于開幕——?