《追蹤者第二季》延續第一季主線，講述曾被稱為“垃圾回收場”的稅收五局特工東柱調入韓國國稅廳后，繼續以非常手段對抗體制腐敗的故事。本季中，東柱在追查跨國逃稅案件時發現國稅廳內部存在系統性權力尋租網絡，其慣用的激進調查方式與上級機關保守勢力產生激烈沖突。隨著關鍵證人接連遇害，東柱不得不聯合法務科檢察官高我星飾演的韓惠珠展開秘密調查，逐步揭露以孫賢周飾演的稅務局長樸容夏為核心的政商勾結鏈條。面對威脅恐嚇，東柱堅持用“以惡制惡”的方式突破重重阻礙，在追查資金流向過程中與昔日同僚樸勇宇飾演的趙課長展開正面對峙，最終促使檢察部門介入調查。