《美眉校探第三季》于2006年10月3日至2007年1月20日期間在UPN電視臺播出，共20集。本季延續講述高中生偵探維羅妮卡·瑪斯在解決校園爆炸案后，持續調查連環失蹤事件及校內秘密社團陰謀的主線劇情。隨著她深入追查，維羅妮卡發現父親基思·瑪斯的政敵與案件存在關聯，并遭遇神秘組織"債務清算人"（Debit & Credit）的威脅。故事貫穿她兼顧私家偵探工作、應對與洛根·埃克斯關系變化，以及協助父親競選警長的三重矛盾。季終集揭示爆炸案幕后主使身份，并展現維羅妮卡通過破解加密線索成功營救被綁架的基思，同時揭露犯罪組織與地方政府勾結的事實。該季以維羅妮卡的畢業典禮及對小鎮權力結構的沖擊作為收尾，為后續劇情留下開放性結局。