故事發生在風景秀麗的密西西比河畔，湯姆（喬納森·泰勒·托馬斯飾）自幼喪母，是一個身世可憐的孤兒。然而，在波莉姨媽和鎮上居民的幫助下，湯姆成長為了一個快樂勇敢的男孩。哈克貝利（布拉德·蘭弗洛飾）是湯姆最親密的朋友，兩人常因淘氣闖禍而引發連串笑料。一次意外中，湯姆目睹了印江·喬殺害魯濱遜醫生的全過程，因懼怕兇手報復而與哈克貝利相約逃亡。他們在密西西比河上的杰克遜島搭建營地，享受自由生活的同時，也通過鎮上傳來的"尋人啟事"得知親友的擔憂。在案件開庭審理的關鍵時刻，湯姆克服恐懼出庭作證，指認印江·喬為真兇。兇手在法庭上暴起逃逸后，最終被困洞穴絕境而死。湯姆的勇敢舉動不僅洗清了莫須有的罪名，也讓小鎮居民重新認識了這個看似頑皮卻正直的少年。