故事發生在銀成學園中,邪惡煉金術士制造的人造生命體赫姆克魯斯在此肆虐,以吞噬人類為生。平凡高中生武藤和樹(福山潤配音)在營救遭怪物襲擊的津村斗貴子(柚木涼香配音)時被殺害,身為煉金戰士的斗貴子以研發的"核鐵"替代其心臟將其復活。和樹由此獲得將右臂變化為突擊步槍的能力,成為對抗赫姆克魯斯的戰士。后續揭露學園地下實驗室由煉金術士尼柯萊操控,其制造赫姆克魯斯的陰謀旨在通過吞噬人類收集能量實現永生。斗貴子所屬的煉金戰士組織聯合覺醒后的武藤,最終在激烈戰斗中摧毀核心反應堆終結威脅。和樹雖因核鐵產生變異風險,但成功維持人性完成使命,與同伴共同守護了人類安全。