帕丁頓（本·衛肖配音）回到家鄉秘魯探望露西嬸嬸（艾美達·斯丹頓配音），發現她居住在名為"歡樂熊之家"的退休熊療養院。當這座承載著露西回憶的療養院面臨關閉危機時，帕丁頓意外發現一張與秘魯古代寶藏有關的藏寶圖碎片。為守護嬸嬸的家園，帕丁頓與布朗一家踏上從亞馬遜雨林到安第斯山脈的冒險旅程，在破解古老謎題的過程中，逐漸揭開療養院創始人與秘魯失落文明的神秘關聯。途中他們遭遇試圖獨占寶藏秘密的英國探險家蒙蒂（休·格蘭特飾），對方精心設計的重重陷阱迫使帕丁頓運用智慧與勇氣化解危機。最終通過團隊協作，他們不僅找到維系療養院存續的關鍵證據，更讓秘魯當地社區重新認識到傳統文明的價值。