故事發生在東京八丈島近海，一座將全球各地警方監控相連接的高科技設施——“太平洋浮標”即將啟動。為了與歐洲刑警組織管轄的范圍聯網，來自世界各地的工程師聚集在這里。基于人臉識別的全新“黑科技”也正在測試中。柯南一行人前往八丈島觀鯨，途中接到沖矢昴（赤井秀一）的緊急通報：歐洲刑警組織成員在德國遭琴酒殺害。為調查真相，柯南潛入“太平洋浮標”設施。正當工程師們展開系統啟動準備工作時，女工程師被黑暗組織綁架并奪走存有核心技術的U盤。此時水下傳來未知潛水艇逼近的聲音，灰原哀也遭遇神秘黑影威脅——黑暗組織意圖通過人臉識別系統鎖定其藏身之處。柯南與赤井秀一、安室透展開三方聯動調查，發現此次事件與《戰栗的樂譜》中出現過的敵對勢力存在關聯。最終通過破解潛水艇聲紋密碼，成功定位人質位置并挫敗雙重陰謀，在拯救工程師的同時保護了灰原哀的身份安全。