在Gibbs失蹤的兩個月里，Bishop臨時接掌海軍罪案調查處指揮權。盡管團隊努力維持運作，但核心缺失帶來的壓力持續顯現。國際線的巴拉圭行動成為貫穿全季的重要伏筆，其后續影響逐步發酵。Jennifer Esposito飾演的Alex Quinn正式離隊，劇情以臺詞交代其因母親重病辭職。自15×04起，Maria Bello作為軍方背景的犯罪心理學家加入調查組，她與Gibbs既存在辦案理念沖突又保持專業互信。Delilah孕期進展出現時間線矛盾，官方劇本顯示其子可能在10月檔期或圣誕特別集中出生。Ducky受邀回母校演講時意外邂逅某政界高層女性，該人物身份引發后續調查線索。Clayton Reeves的神秘過往在季初數集后被揭開，這個涉及軍方機密的私人真相導致其職業生涯出現重大轉折。Robert Wagner與Laura San Giacomo分別回歸客串Tony DiNozzo Sr.和Grace Confalone，前者與現劇情主線暫未產生直接關聯。