由朝田龍太郎（坂口憲二飾）率領的醫龍小隊完成日本首例Batista手術后被迫解散，朝田重返難民營從事國際救援。明真大學醫院內部格局生變：伊集院登（小池徹平飾）因醫療事故陷入自責，里原美紀（水川麻美飾）面臨職業困境。某日神秘郵件邀約重組團隊，前成員們尚在遲疑時，急診送來的心臟病患被朝田精準施救。借由此次手術契機，醫龍小隊正式重啟。面對醫院削減專項經費、反對派持續施壓的困局，團隊成員在朝田帶領下克服器械老舊與資源匱乏，在完成高難度手術的同時逐步揭露重組計劃背后的真相——這封神秘郵件實為朝田昔日恩師刻意制造的考驗，旨在培養新一代醫療領導者以對抗醫學界腐敗勢力。