南光太郎與弟弟秋月信彥被神秘組織戈爾哥姆選中成為永生戰士"黑日"和"影月"，但信彥被完全洗腦成為執行組織命令的傀儡。為阻止戈爾哥姆通過生化改造征服世界的陰謀并解救弟弟，未被控制的光太郎覺醒變身能力，在神官石森博士的協助下以"假面騎士BLACK"的身份展開對抗。隨著戰斗深入，光太郎發現信彥的影月形態已成為戈爾哥姆首領杰克將軍的重要武器，兩人被迫在人類意識與改造體力量間進行生死對決。最終BLACK通過太陽腰帶的完全解放形態，先后擊敗杰克將軍與失控的影月，在摧毀戈爾哥姆中樞的同時將信彥從精神控制中徹底解救。