21世紀初，日本生物科技高度發達，其所研制并獨家壟斷的生物機器人極大推進了時代的進步，但同時其潛在的危害性也不斷受到世界各國的指摘。不滿于其他國家對該技術限制的呼聲，日本于2067年單方面退出聯合國，用高科技手段屏蔽一切外來信號，再次進入鎖國狀態。此后整整10年間，關于日本的現狀外界一無所知。美國政府急于了解日本當前的狀況，雖派出特種部隊SWORD秘密潛入這個已經封閉了十個年頭的神秘國家。當特種隊員VEXILLE（黒木メイサ音）和里昂（谷原章介飾）進入日本后，眼前的一切卻令他們大吃一驚——曾經的都市已異化為由生物機械操控的封閉實驗場，所有人類被強制植入神經芯片接受監控。日本科學家森崎（松雪泰子飾）暗中揭露真相：政府以"鎖國計劃"為名，實則將全國改造成活體實驗基地。隨著調查深入，VEXILLE發現自己與日本存在更深羈絆，而整個東亞大陸正面臨生物機械病毒擴散的威脅。