東京和紐約接連發生利用病毒Wizard制造的爆炸事件，天才少女開發者亞歷山大·卡羅琳娜·圓（堀北真希飾）與ATARU（中居正廣飾）的舊識身份浮出水面。警視廳成立由管理官星秋穗（松雪泰子飾）主導的日美聯合搜查總部，同時前搭檔蛯名舞子（栗山千明飾）以偵探身份介入。小圓鎖定特定目標展開精密獵殺，其超凡智商令警方束手無策。ATARU與舞子、澤俊一（北村一輝飾）組成核心偵查組，通過解碼病毒代碼與犯罪模式追蹤嫌犯。調查揭示小圓制造病毒源于被跨國集團利用的過往創傷，最終在紐約時代廣場的對峙中，ATARU團隊通過反向植入程序阻止病毒擴散。小圓選擇在爆炸余波中與舊日同僚完成最終對話，其復仇計劃的真相隨著數據銷毀而永遠封存。