市立見瀧原中學，又迎來平靜祥和的一天。就讀于二年級的女孩鹿目圓（悠木碧配音）和朋友美樹沙耶加（喜多村英梨配音）、志筑仁美（新谷良子配音）盡情討論戀愛的話題，享受少女的快樂青春。這時班上轉來了名叫曉美焰（齋藤千和配音）的新生，這個帶著些許神秘氣質的女孩讓小圓頗感疑惑。與沙耶加下學回家路上，小圓聽到呼救聲，聲音來自一只渾身傷痕累累的未知生物，而追殺它的正是曉美焰。危急時刻，她們得到同為見瀧原中學學生的魔法少女巴麻美（水橋香織配音）的幫助，進而得知那只名叫丘比的生物有能夠幫助人變成魔法少女的能力。少女們無意間開啟了通往另一個世界的大門……本片為魔法少女的劇場版，分三部上映，由TV版12話重新編集而成。