《京都寺町三條商店街的福爾摩斯》以京都寺町三條商店街一隅孤獨矗立的古董店“藏”為舞臺。女高中生真城葵因偶然機緣結識店主家頭清貴，并開始在店中打工。外表溫和的清貴擁有超乎常人的敏銳直覺與推理能力，被周遭稱為“福爾摩斯”。隨著形形色色的客人攜帶著神秘古董造訪，葵與清貴逐漸卷入以古董為線索的各類委托事件。兩人通過解讀器物承載的歷史痕跡與細微線索，揭開隱藏在古董背后的家族秘密、往昔糾葛及人性真相。在解決委托的過程中，葵不僅逐漸理解古董的真正價值，也逐步接近清貴刻意隱藏的過往。