在《福音戰(zhàn)士新劇場(chǎng)版：Q》引發(fā)第三次沖擊的十年后，成為事件元兇的碇真嗣陷入精神崩潰狀態(tài)。曾經(jīng)駕駛EVA初號(hào)機(jī)的少年如今形同廢人，在廢棄的NERV基地深處沉淪。隨著神秘少女明日香與渚薰的相繼出現(xiàn)，真嗣被迫直面被封印的記憶。人類補(bǔ)完計(jì)劃遺留的核心矛盾持續(xù)發(fā)酵，殘存的使徒威脅與舊日創(chuàng)傷相互纏繞。當(dāng)新敵人突然襲擊東京-3時(shí)，真嗣必須重新啟動(dòng)初號(hào)機(jī)，在綾波麗與葛城美里等舊識(shí)的協(xié)助下，直面自己作為"沖擊之子"的命運(yùn)。這場(chǎng)跨越十四年的史詩(shī)終章里，少年最終選擇背負(fù)所有人的希望，在血色月光下駕駛機(jī)體沖向命運(yùn)的終點(diǎn)，用自我獻(xiàn)祭的方式終結(jié)人類與使徒的永恒輪回。