抱著幫助他人而化身魔法少女的鹿目圓（悠木碧配音），目睹摯友美樹沙耶加（喜多村英梨配音）因戰(zhàn)斗耗盡生命而魔女化的遺體時，首次直面魔法少女的殘酷宿命。在丘比（加藤英美里配音）揭示"魔女轉生"真相后，小圓接受佐倉杏子（野中藍配音）的建議，與曉美焰（齋藤千和配音）共同踏上阻止魔女之夜（水橋香織配音）的征程。三人組在瓦礫廢墟中與魔女之夜展開殊死搏斗，期間杏子為掩護同伴犧牲自我。隨著戰(zhàn)斗白熱化，焰不得不動用禁斷的時間停止能力，卻仍難改事態(tài)走向。當沙耶加殘留的靈魂碎片逐漸崩解之際，小圓在絕望深淵前做出改寫世界法則的終極抉擇——以自身存在為代價締結契約，從輪回詛咒中解放所有魔法少女的靈魂。這場跨越時空的救贖最終凝結成新宇宙誕生的原點，而焰則在記憶斷層中守護著被重構的希望。影片由TV動畫12集重新剪輯構成，完整呈現了少女們對抗命運的悲壯歷程。